越秀区口腔医院(原东山区口腔医院)历史最早追溯到1954年,是年8月,东山联合牙科诊所成立。1958年8月,全区联合牙科诊所实行大联合(简称医联)。1964年1月,口腔专线实行统一管理,成立了东山区口腔疾病防治所,1985年12月,升格为东山区口腔病防治医院,1999年6月更名为东山区口腔医院。
根据原东山区医疗机构改革的精神,东山区口腔医院于2000年2月23日由东华东路623号迁往白云路竹南大街14号。
越秀区口腔医院相当二级口腔医院规模,设医院总部及下辖三个门诊部。医院总部新门诊楼面积约800平方米,设有音响系统、闭路电视、对讲系统、监控系统及数控系统等先进设备。