1970、80年代,远东集团创办人徐有庠先生于台北县板桥、土城一带,工厂林立、人口密集,却没有任何一家大型现代化医院,每有重大伤患或急症病人,均须转送台北巿,却因路途遥远,延误就医之憾事时有所闻。徐创办人因之秉持「取诸社会,用诸社会」理念,捐款成立徐元智先生医药基金会,以自建医院、急诊援助、贫病义诊,及奖励医药研究为宗旨,于1981年4月1日在板桥创设亚东纪念医院,初期以150张病床开张服务。1983年本院评为二级教学医院,1985年获评为二级教学医院,1988年评为区域医院,1991~1997年成为区域医院暨教学医院,2000~2003年获评为区域医院暨乙类教学医院。
1999年本院与台大医院策略联盟,由朱树勋教授出任院长,同年主管营确立迈向医学中心之愿景,2006年顺利通过卫生署评定成为台北县**家医学中心。2009年修改确认「成为民众**的医学中心」的新愿景并再度通过新制医学中心评,并于2013年再度通过医学中心评,充分落实基金会设立之宗旨。