本院於1968年创立,原名财团法人台南市逢甲医院,创院时病床仅66床。1986年迁移到台南市永康现址,啟用时病床290床。1992年更名為财团法人奇美医院,总床数近700床。
奇美医学中心总院共有36个医疗部门,13个行政部门,35个医务委员会,9个院务委员会,14个研究室。 奇美医院总床数1273床,其中一般病床843床,加护病床109床,台南市院区精神病床40床。柳营奇美医院目前总床数876床。佳里院区总床数263床。三院区合计约2400床,是云嘉南地区床数最多的医疗体系。本院员工人数, 奇美医院约3750人,柳营奇美医院区约1850人,佳里奇美医院约600人。