上海市杨浦区档案馆于1963年2月11日在中共杨浦区委、区人委机关联合档案室的基础上建立的，是全区集中保管和开发利用档案信息资源的科学文化事业机构[杨委组（63）干字第12号]。1985年8月19日建立杨浦区档案局，主管本区的档案事业，对本区机关、团体、企业事业单位和其他组织的档案工作实行监督和指导。1986年5月起，杨浦区档案局与杨浦区档案馆合署办公，实行“一个机构，两块牌子”的管理体制，列入区政府序列，归区政府领导。1997年机构改革，区档案局退出政府序列，为区政府直属事业局。局馆下设四个职能科室，分别是办公室、业务督导科、法制征编科、接待保管科，1999年根据《上海市杨浦区机构编制委员会关于同意杨浦区档案局设立技术开发室的批复》[杨编（1999）70号]设立技术开发室，与征集编研科合署办公。2009年，在新一轮区级政府机构改革调整中，根据区委、区政府《中共上海市杨浦区委办公室印发<上海市杨浦区档案局主要职能、内设机构和人员编制方案>的通知》[杨委办发(2009)15号]精神，杨浦区档案局为中共杨浦区委、杨浦区人民政府主管全区档案工作的行政管理部门，由中共杨浦区委办公室归口管理，设2个内设机构即：办公室和监督指导科，核定区档案局公务员编制为8名。根据《关于将杨浦区档案馆等3家事业单位列入参照公务员法管理范围的通知》[沪公局发(2011)53号]精神，区档案馆被列入参照公务员法管理范围单位。根据《中共上海市杨浦区委办公室关于印发<上海市杨浦区档案馆主要职能、内设机构和人员编制规定>的通知》[杨委办发(2012)38号]精神，杨浦区档案馆是集中管理档案的文化事业机构，承担本行政区域内档案的接收、征集、整理、保管和利用等职能。上海市杨浦区档案馆与上海市杨浦区档案局合署办公，设3个内设机构即：征集编研科、保管利用科和信息技术科，核定区档案馆参公事业编制为20人。截至2014年底，区档案局在职公务员10名，其中处级干部4名，科级干部6名。区档案馆在职干部17名，其中处级干部1名，科级干部4名，科员10名，试用期2名。局馆27名在职干部中，研究生3名、本科22名，大专2名；中共党员22名，团员1名。
杨浦区档案局馆原办公地址在江浦路549号南大楼三、四、五楼，只有140平方米。1986年，面积增加到302平方米。1987年3月，区档案馆搬至榆林路707号1号楼4、5、6楼，面积为421平方米。1997年档案馆建筑面积增加到1821平方米。2010年档案馆建筑面积增加到1921平方米。2012年5月搬至眉州路707号过渡，档案库房和办公面积共约2801平方米。2014年初进驻新馆，档案馆建筑面积增加到8508平方米，其中库房面积达到近2000多平方米，办公地址为靖宇东路269号。为保证馆藏档案的安全，方便开发利用，配备了恒温恒湿系统、中央除尘系统、防磁柜、安全监控系统、气体灭火设备、消毒设备、高压细水雾消防设备、裱糊设备、温湿度仪、吸尘器、电脑、打印机、复印机、一体机、扫描仪、摄录像机、照相机、叫号系统等设施设备。
区档案馆于1990年荣获上海市三级先进档案馆，1992年荣获市二级先进档案馆 ,2003年荣获市一级先进档案馆，2007年通过市一级先进档案馆复查认定。2008年、2012年连续获得市档案系统先进集体称号。2011年杨浦区档案馆晋升为国家二级档案馆 。2013年杨浦区档案局馆保管利用科荣获2012年度杨浦区争做人民满意公务员主题实践活动集体三等功。2014年荣获上海市2013—2014年度青年文明号，2014年杨浦区档案馆晋升为国家一级档案馆。
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