平阴县卫生和计划生育局设4个职能科室。
（一）办公室（挂组织人事科牌子）
负责局机关日常管理工作和后勤保障工作；负责重要会议的组织和会议决定事项的督办；负责局机关文秘、档案、办公自动化、信息、信访、提案、督办、保密、机要、统战、接待和综合性文稿的起草工作；组织开展调研工作；负责全系统思想文化、廉政建设和新闻宣传工作。
负责局机关财务和国有资产管理工作；负责下属单位财务监督、审计、指导等工作。
负责机构编制、组织人事、计划生育工作；负责离退休人员的管理服务工作。
（二）医政与疾病控制科（挂卫生应急办公室牌子）
贯彻执行国家、省、市卫生法律法规，指导、组织、推进全县医药卫生体制改革工作；制定全县基本医疗服务、公共卫生服务、疾病预防控制、药品供应保障、保健工作等卫生事业中长期发展规划并督导执行；负责全县医疗机构医疗、护理、药事、医技、医院感染、临床用血等管理工作，为群众提供优质高效价廉医疗服务；负责协调处理医疗事故争议和纠纷；负责组织全县各医疗机构开展卫生科研攻关、新技术应用，加快卫生科研发展步伐；承担全县传染病、地方病、寄生虫病、慢性病防治、健康教育、精神病管理、皮肤病防治、免疫预防工作的规划实施和考核评估；承担县爱卫会日常管理工作，组织开展爱国卫生活动，指导城乡环境卫生综合整治、病媒生物防治、全民健康教育。
负责全县突发公共卫生事件的监测预警和应急处理工作;组织协调全县“120”急救调度指挥、重大生产安全、突发性疾病的救治和意外灾害事故的医疗救援工作。
组织开展食品安全风险监测、评估工作；承担食品安全标准组织实施相关工作；参与全县重要会议和重大活动的医疗卫生保障工作。
组织实施卫生综合执法工作；依法监管传染病、地方病和职业病防治、生活饮用水、公共场所、职业卫生、放射卫生、学校卫生、医疗市场监督工作; 负责卫生行政应诉和对卫生执法的监督工作。
组织开展对外援助和交流合作。
（三）农村卫生与妇幼保健管理科
统筹协调全县农村卫生、社区卫生、妇幼卫生、计划生育服务的综合管理指导工作。拟订全县农村卫生和社区卫生政策、规划、规范并组织实施；拟订卫生和计划生育公众健康教育、健康促进目标、规划、政策和规范并组织实施；指导全县基层卫生服务体系建设和乡村医生相关管理、农村改水改厕工作，依法加强乡村医生执业考核和注册管理；负责全县社区卫生服务行业监督管理；监督指导基层卫生政策落实。
拟订全县妇幼卫生和计划生育技术服务政策、措施、规划并组织实施，推进妇幼卫生和计划生育技术服务体系建设；指导妇幼卫生、出生缺陷防治、人类辅助生殖技术管理和计划生育技术服务工作；依法对妇幼保健工作进行行业监督管理和指导；依法规范计划生育药具管理工作。
（四）计划生育管理科
拟订全县计划生育中长期发展规划；统筹规划与协调卫生和计划生育服务资源配置，承担区域计划生育规划的编制和实施；指导计划生育公共服务体系建设；参与全县人口基础信息库建设。负责卫生和计划生育综合性法规政策研究；承担规范性文件合法性审核工作，承担计生行政复议、行政应诉、法制宣传和法律法规咨询工作；负责卫生和计划生育相关行政审批事项的日常办理工作。指导和督促基层加强计划生育基础管理和服务工作，贯彻落实计划生育政策，推进基层计划生育工作网络建设；拟订全县计划生育目标管理责任制考核办法并组织实施，指导监督乡镇、街道落实计划生育一票否决制。研究提出全县促进计划生育家庭发展的政策建议，建立和完善计划生育利益导向机制及特殊困难家庭扶助制度并组织实施，拟订全县计划生育奖励扶助政策，承担出生人口性别比综合治理工作。拟订全县流动人口计划生育服务管理工作规划、政策并组织实施；协调指导有关部门、基层建立流动人口卫生和计划生育信息共享及公共服务工作机制，推动流动人口计划生育基本公共服务均等化。
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