根据《自治州党委、人民政府关于自治州党委和人民政府机构设置的通知》（克党委字[2002]11号），克孜勒苏柯尔克孜自治州科学技术委员会更名为克孜勒苏柯尔克孜自治州科学技术局。自治州科学技术局是主管全州科技工作的自治州人民政府组成部门。
职能调整
（一）机构改革后的自治州科学技术局,要把工作重点集中到科技发展战略方针、政策、法规和规划的制定上来，加大对国民经济和社会发展有重大影响的跨部门、跨学科综合性强的科技工作的宏观调控力度，抓好科技体制改革。
（二）协调各县（市）、州直各部门和各主要行业的科技工作，围绕自治州经济建设的重点和难点问题组织科技攻关，进一步加强科技成果向现实生产力转化力度，推进科技经济一体化。
（三）从根本上实现科技工作由部门行为向党委、政府行为和社会行为转变。用政策导向和市场牵动来推进和引导全社会的科技进步。
主要职责
（一）贯彻执行党和国家关于科技工作的方针、政策、法律、法规。组织研究制定自治州的科技发展战略、规划，以及科技促进自治州经济与社会发展的政策、法规。会同有关部门拟定科技体制改革方案和措施，推动自治州的科技事业发展和全社会的科技进步。
（二）编制自治州科技发展中长期规划、五年计划和年度计划，并组织实施。合理配置相应的科技经费和科技条件工作。负责监督管理国家和自治区在克州实施的科技项目。
（三）研究提出多渠道增加科技投入的政策措施。负责归口管理的科学事业费、科技三项费、科技专项资金以及科技发展基金的预决算及使用的动态管理。
（四）会同有关部门运用行政和经济手段，加强对自治州科技活动的调整，协调全州科学技术普及工作，推动科普工作发展。指导和管理全州的民办科技工作。组织实施“星火计划”项目。
（五）负责自治州农牧区科技示范活动，指导和管理科技兴县（市）工作和科技进步先进乡镇建设工作。
（六）归口管理全州自然科学技术及软科学领域的科技成果、科技进步奖励评审工作，以及科技保密、技术市场等工作，指导自治州科技顾问团的决策咨询和技术中介服务工作，推动科技服务体系的建立。
（七）负责管理科技兴州办的日常业务工作。加强科技信息、科技宣传和科技统计等条件工作。组织全州科技管理干部、科技人员、各乡镇领导以及经济活动科技带头人的科技培训和农牧区“科技之冬”培训工作。
（八）指导管理自治州知识产权局的日常工作。
（九）负责自治州信息化领导办公室的日常业务管理和自治州人民政府公众信息网网站管理中心的运行管理工作。
（十）指导和管理下属科技情报研究所和科技开发服务中心两个事业单位业务及财务工作。
（十一）指导和协调自治州各部门、各县市及各乡镇的科技管理工作。
（十二）承办自治州党委、人民政府和自治区科技厅交办的其他事项。
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